明日には取り壊し予定となっている名門・聖クレア小学校の古びた時代遅れの理科室。陳列されている人体模型のキュンストレーキと骨格標本のゴスも廃棄処分だ。相棒として理科室を長年守って来た二人は、理科室や自分たちを救う方法が見つからない。そんな時、学校見学会に来た３人の幼稚園児、マコとミーコとムツコ（通称マ・ミ・ム）が立ち入り禁止の理科室へ迷い込む。キュンストレーキとゴスは、彼女たちを巻き込むことで廃棄処分を回避する、とある作戦を思いつく。その名も“放課後ミッドナイトパーティー”作戦。それは、学校中の“ミッドナイターズ”を呼び覚ます、最後の手段だった。理科室解体まであと６時間。果たして結末はいかに。
